영양군은 고추에서 문제되는 바이러스병 감염 피해를 최소화하기 위해 바이러스 진단키트를 상시 보유하고 있다. 또, 농업인 교육을 통해 방제방법을 교육하고, 2월 고추세미나를 추진하는 등 바이러스방제에 힘쓰고 있다고 전해왔다.
바이러스는 생육초기 감염될 경우 수확량 감소에 큰 영향을 미친다. 그래서 고추 생육 초기 예찰과 방제를 통해 피해를 줄여야 한다.
고추에서 문제되는 바이러스는 대부분이 진딧물이나 총채벌레에 의해 전염된다. 바이러스병 감염 피해를 최소화하기 위해서는 매개충을 예찰하고 하우스와 본답 주변 매개충의 서식처가 되는 잡초를 제거하는 것이 중요하다. 육묘과정에서 예방하는 것은 무엇보다 우선시 되어야 할 중요한 일이다.
바이러스 감염 시 감염주는 제거하고 계통이 다른 농약허용기준강화제도(PLS)등록 약제 3~4종을 7일에서 10일 간격으로 번갈아 살포해주는 것이 중요하다. 또한 해마다 피해가 반복되는 농가라면 저항성 품종을 재배하는 것이 좋다.